Ένα τμήμα του εκπαιδευτικού μας συστήματος είναι και η Ειδική Αγωγή, η οποία προσφέρει υποστηρικτικά τις υπηρεσίες της, στα άτομα με ιδιαίτερες εκπαιδευτικές ανάγκες.

 Οι μαθητές που έχουν ανάγκη από ιδιαίτερη εκπαιδευτική προσέγγιση, είναι όσοι παρουσιάζουν ηλικιακή ανωριμότητα, δυσκολίες μάθησης, αισθητηριακές αναπηρίες, παραβατική (διαταρακτική) συμπεριφορά, συναισθηματική ανωριμότητα ή συναισθηματικές διαταραχές, άρνηση σχολείου κλπ. Ένας μεγάλος αριθμός των μαθητών αυτών φοιτά στα Ειδικά σχολεία και στα τμήματα Ένταξης. 

Το τμήμα Ένταξης του Σχολείου μας λειτούργησε για πρώτη φορά το 2006. Για την ομαλή ένταξη όλων των μαθητών, που πρέπει να παρακολουθήσουν το πρόγραμμα του τμήματος, υπάρχει μεγάλη ευαισθητοποίηση της σχολικής μας μονάδας, τόσο της Διεύθυνσης όσο και όλων των εκπαιδευτικών.

Η επιλογή των μαθητών του τμήματος γίνεται έπειτα από συνεννόηση του εκπαιδευτικού της τάξης με τον εκπαιδευτικό του τμήματος Ένταξης. Επίσης, είναι απαραίτητη και η ενυπόγραφη σύμφωνη γνώμη του γονέα. Τα παιδιά που φοιτούν στο τμήμα Ένταξης παρακολουθούν το εκπαιδευτικό πρόγραμμα της τάξης τους και παράλληλα παρακολουθούν παρεμβατικό, εξατομικευμένο πρόγραμμα με την ειδική παιδαγωγό, συγκεκριμένες ώρες την εβδομάδα (ανάλογα με τις ανάγκες του κάθε παιδιού). Ορισμένοι μαθητές έχουν ήδη αξιολογηθεί από κάποιο ιδιωτικό ή δημόσιο ιατροπαιδαγωγικό κέντρο ή από το ΚΕΔΔΥ, ενώ κάποιοι από αυτούς, που δεν έχουν αξιολογηθεί, βρίσκονται στη διαδικασία αξιολόγησης, ύστερα από ενημέρωση των γονέων τους.